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双方以为避税，只是备案购房价格与实际价格不同，而导致合同无效。而备案合同是对外公示的合同，具有公信力，是该房屋买卖的主合同，主合同无效，其基于主合同签订的补充协议亦为无效。因此，将40万元作为违约金的补充协议是无效的。